Los enlaces .edu definitivamente parece que no tienen más valor en términos seo que otro tipo de enlaces según comenta (y confirma por primera vez) un responsable de Google en Google groups:
«En general, me gustaría añadir que no, los backlinks desde dominios .edu no tienen, por lo general, una credibilidad extra para Google. Por este motivo, recomendaría a los webmasters que no pierdan el tiempo en campañas de enlaces .edu y se dediquen a crear contenido único y de calidad para evitar problemas. El contenido de calidad sigue siendo el rey»
Es decir, traducido al lenguaje de los humanos: «En Google no queremos que todo el mundo con webs mediocres se dedique a hacer campañas para conseguir este tipo de enlaces, por lo que no les damos más importancia que a otros enlaces, por lo menos para webs con poco peso. Estamos hasta los … del contenido duplicado».
Estoy bastante de acuerdo que los enlaces .edu solo tienen valor si son desde webs relevantes y con credibilidad.