La jerarquía de las categorías en las que clasificamos cada página, por ejemplo en menús o breadcrumbs, siempre ha sido un tema relevante a la hora de planificar un sitio de cara al SEO. Tiene que ver con la importancia que queremos dar al contenido de la web. El contenido más importante lo colocaremos cerca de la portada, por ejemplo portada->categoría->URL, mientras el menos importante lo hundiremos dentro de subdirectorios y carpetas.
Pero esto tiene más que ver con la experiencia de usuario más que con el buscador. Según Google, «la jerarquía de una URL no es tan importante para el buscador.»
@Clement_SEO (not sure if you mean this) URLs are primarily identifiers, hierarchy in URL elements isn't that important for Google search.
— John ☆.o(≧▽≦)o.☆ (@JohnMu) February 1, 2017
Con tal de que Google tenga acceso a la URL, es suficiente para que la rankee donde se merezca. Pero esto no quiere decir que no sea importante. Lo primero que tiene que pasar es que Google encuentre la URL, y para ésto, debe estar cerca de la portada, independientemente de su jerarquía dentro de la página.
Por lo tanto, si una URL está en la subcategoría 5 en las profundidades de tu web, basta con que la enlaces desde un nivel cercano a la portada para que la encuentre (lo ideal es mantener las URL importantes en los tres primeros niveles de la web).